מיזם הבוסתן מבוסס על מנהיגות אזרחית משותפת. למעשה אופן הפעילות הראשון, שאיפשר את פיתוח תחומי הפעילות הנוספים של המיזם, היה יצירתה של קבוצת המנהיגות המשותפת הראשונה של הבוסתן, החבורה המובילה.
לצד צוות הניהול של המיזם פועלות כרגע שתי קבוצות מנהיגות של תושבים מתנדבים: צוות ההיגוי והחבורה המובילה. קבוצות המנהיגות של הבוסתן מאוזנות ומשותפות; בכולן מתקיימת למידה מעמיקה וכולן משתתפות בהובלת המיזם.